新风系统和空气净化器虽然在空气净化上存有差异，但两者并不是对立关系，也不是替代关系，而是可以相辅相成的。首先，两者的概念不同，空气净化器以净化为主要功能，是专业净化空气的工具，但它只是对局部的空气起到净化作用。而新风系统则主要是对室内的空气起到改善的作用，为室内提供新鲜空气，改善室内的氧气浓度，以满足人体的需要。
以室内污染物的种类为例来讲，真正的室内污染主要是粉尘污染和二氧化碳污染。粉尘污染主要是由于开窗造成的，这个可以使用空气净化器解决；二氧化碳污染，主要是由于在关窗情况下人体自身吸收氧气呼出二氧化碳造成，这就需要新风系统帮助室内通风换气来解决。现在的新风系统虽然也加上了过滤的功能，能够过滤掉室外空气的污染物，但与专业的净化器相比，还是稍有逊色的。由上所述得出，开窗会导致粉尘污染，关窗会导致二氧化碳污染，所以，如果将空气净化器和新风系统结合使用效果将会更佳。
